省部共建国家重点实验室在家猪基因组学研究领域取得重要原创性成果

　　该项基础科学研究成果——全基因组重测序揭示猪环境适应性的分子机理及可能的属间杂交现象（Adaptation and possible ancient interspecies introgression in pigs identified by whole-genome sequencing），是由依托江西农业大学的省部共建猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室为主导，在国家重大科技专项、国家自然科学基金重点项目和教育部长江学者创新团队项目的资助下，联合深圳华大基因科技服务有限公司共同完成的。江西农业大学是该论文的唯一通讯作者单位，黄路生院士和任军教授为论文的共同通讯作者，江西农业大学艾华水博士、杨斌博士和深圳华大科技的方晓东博士为论文的共同第一作者。《自然-遗传》（Nature Genetics）创刊于1993年，是国际遗传学研究领域的顶级学术刊物，影响因子29.65，在全球11000余种SCI期刊中排名第22位。

　　我国是世界第一养猪生产大国，2014年生猪出栏7.35亿头，占全球总量的一半。中国也是全球家猪的两个主要驯化中心之一，拥有全球最丰富的地方猪种资源，品种数量占全球总量的1/3。经过近万年的自然选择和人工选育，中国地方猪种形成了繁殖力高、肉质鲜美、抗逆性强等优异种质特性，并对中国南北方不同的生态环境产生了极佳的适应性。然而，导致这种环境适应性的分子机理并不为人所知。

　　省部共建猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室历时4年半，成功构建了覆盖我国24个省市自治区现有68个猪种的中国地方猪种基因组DNA库。在此基础上，优选出来自我国15个不同地理居群的、代表广泛血缘的12个猪种69头无相关血缘中国地方猪；与深圳华大基因科技服务有限公司的研究人员一起，针对这69头猪进行了全基因组高覆盖度（25X）的重测序，由此鉴别了4100万个基因组变异位点，其中2100万为新发现的位点，占52%, 极大地丰富了国际猪基因组遗传变异位点数据库，为全球特别是中国地方猪种质特性遗传机制研究和优良基因资源挖掘提供了重要基础性科学数据。利用这些数据与公共数据库中的欧洲猪种基因组数据进行比较，发现中欧猪种之间存在广泛的基因交流，证实了中国地方猪对全球现代商业猪种的培育作出过重要贡献。研究人员进一步采用群体基因组学研究策略，在全基因组范围内系统鉴别了与不同纬度环境适应性有关的219个基因位点，这些位点与毛发生长、皮肤发育、血液循环、能量代谢、肾脏发育、前脑神经元调控等生理功能有关，揭示出中国南方猪和北方猪适应不同温度环境的分子机制，研究结果对培育适应我国不同温度环境的优良猪种、促进我国养猪业的可持续发展具有重要的科学价值。特别值得一提是，研究人员在X号染色体发现一个长达14Mb的低重组区，南北方猪在该区域存在两种截然不同且经历了环境适应性自然选择的单倍型。令人意外的是，北方猪单倍型很可能来自另一个已经灭绝的猪属（Suide），该属间杂交事件据推算发生于数十万年前。这是首次在哺乳动物中发现古老属间杂交导致适应性进化的遗传学证据，改变了人们对哺乳动物适应性进化的认识。